Sasuke Uchiwa rencontre un jeune garçon lors d'un voyage. Ce garçon lui raconte qu'un membre de sa famille a été tué par Akatsuki, une organisation regroupant des personnes aux capacités spéciales portant un manteau noir avec des nuages rouges. Les membres d'Akatsuki tuent, volent et brûlent pour eux-mêmes, pour ceux qu'ils aiment, pour prier, pour l'argent, pour l'art, pour la paix, ou encore pour une fleur porteuse d'espoir...