Kazuya a intégré l'académie Genetics pour combattre les Nova, des créatures venues d'une autre dimension. C'est là qu'il rencontre Satellizer, la « reine intouchable », en qui il croit reconnaître sa soeur décédée. Après avoir dû faire face aux défis des Pandora des classes supérieures, les deux jeunes recrues traversent ensemble de nombreuses épreuves. Alors qu'Amelia et le docteur Scarlett Ôhara ont rejoint la nouvelle organisation créée par le professeur Aoï. Kazuya est quant à lui sorti se promener en ville avec les Pandora Légendaires...