Après avoir planifié l'extermination des membres du Conseil, Myôri libère toute sa violence et réussit à mettre Médaka en colère. Qui sortira vainqueur du duel opposant le Conseil Étudiant et le Comité des moeurs ? Pendant ce temps, petit à petit apparaît au grand jour le projet ultra secret développé par le directeur de l'école.