Alors qu'il prépare une nouvelle invention sur la dilatation de l'eau afin d'irriguer les déserts, le comte de Champignac est enlevé par de mystérieux robots. Peu après, Paris est englouti par un incompréhensible raz-de-marée. Et les dernières images montrent ces mêmes robots envahir les rues inondées. Déjouant les barrages policiers, Spirou et Fantasio s'introduisent dans la capitale sinistrée et déserte à la recherche de leur ami. Mais le Comte est tombé dans les griffes d'un ennemi encore plus implacable que tous ceux affrontés par le passé... Un ennemi qui le connaît trop bien...