Gintoki et Takasugi croisent le fer en se remémorant leur cher maître disparu. Au moment même où ce combat à mort est sur le point de rendre son verdict, un terrible assassin intervient. Et alors que les Yato sont en train de prendre le dessus sur les partisans du shogun, ils doivent faire volte-face, à cause de l'intervention d'individus qui ont pour habitude d'agir dans l'ombre...