Alors que le Concordat fut signé en 1801 et le Code civil publié en 1804, la réglementation organique du culte judaïque intervint seulement en 1806-1808. Napoléon, dans le même esprit qui l'avait animé lorsqu'il avait obtenu la séparation du spirituel et du temporel, se lança dans la réorganisation de la religion juive et dans le renouvellement de la vie sociale des juifs de l'Empire. Il réunit une Assemblée de Notables juifs en 1806 et leur posa douze questions. Les trois premières portaient sur la compatibilité entre tradition religieuse et Code civil ; les trois suivantes concernaient le degré d'attachement des juifs à la France et leur attitude envers les citoyens non juifs ; trois autres étaient liées aux rabbins et à leur rôle dans la communauté ; et enfin, les trois dernières posaient le problème de l'usure et de sa prohibition. A partir des réponses, Napoléon constitua le Grand Sanhédrin, copie fidèle de celui de Jérusalem (qui siégea de 515 av. J.C. à 70 de l'ère chrétienne), composé de soixante et onze membres dont deux tiers étaient des rabbins. Ses actes devaient être placés à côté de la Torah pour faire article de foi et servir de principes de législation religieuse. Afin de cimenter ces décisions, l'Empereur promulgua en 1808 les décrets permettant une intégration complète dans la grande nation française.C'est avec la rigueur d'une historienne que Lilly Marcou retrace ce moment capital dans l'Histoire de la France.