Le voyage de Ginko se poursuit, il part cette fois à la recherche de Mujika, un mushishi qui a disparu. Mujika, est le lien entre l'esprit gardien de la montagne et les villageois qui vivent dans la vallée. Ginko sera également confronté au réveil de mushi endormis, depuis plusieurs centaines d'années, dans des parchemins et à une enfant considérée comme une divinité vivante. Il fera en outre la connaissance de Kôrô, un jeune homme à la recherche d'arc-en-ciel, et devra faire face aux Watahiko, des mushi s'introduisant dans le ventre de femmes enceintes et engendrant des champignons humains !!