Maka, Soul Eater, Black*Star et Tsubaki sont envoyés en mission par Maître Shinigami, le dieu de la mort, afin de capturer le professeur Sid. Cet ancien enseignant de Shibusen a été transformé en zombie et a commis plusieurs voies de faits sur des élèves de l'école. Nos deux Meisters accompagnés de leurs armes démoniaques respectives vont devoir trouver le responsable de cette zombification tirant les ficelles dans l'ombre : le redoutable Docteur Stein.