Après avoir dérobé le Graal Supérieur de Fuyuki à la fin de la Seconde Guerre mondiale, la famille Yggdmillennia se sépare 60 ans plus tard de l'Association des Mages.Leur rébellion provoque une division entre 2 factions de maîtres, invoquant chacun 7 esprits héroïques pour une guerre de front entre 14 Servants, le tout surveillé par Ruler, servant médiateur envoyé directement par le Saint Graal...Le père Shirô dévoile enfin sa véritable identité : il est en réalité un ancien Servant de la précédente Guerre sainte, et est bien décidé à utiliser tous les moyens qui sont en sa possession pour s'emparer de la Coupe Sacrée.